Отцы-основатели индоевропеистики сравнивали грамматические показатели. Даже в 1799 году, когда сравнительно-исторического языкознания ещё не существовало, У. Джонс признавал, что грамматика - более сильный довод в пользу родства языков:

That the written Abyssinian language, which we call Ethiopick,is a dialect of old Chaldean, and sister of Arabick and Hebrew; we know with certainty, not only from the great multitude of identical words, but (which is a far stronger proof) from the similar grammatical arrangement of the several idioms.

Принадлежность к и.-е. семье таких языков, как армянский, была установлена в первую очередь путём анализа их грамматики. См. подробнее, например, в этой статье: William J. Poser, Lyle Campbell, Indo-European Practice and Historical Methodology http://www.billposer.org/Papers/iephm.pdf
Ну и насчёт отсутствия вменяемой грамматической ПИЕ реконструкции тоже неправда, она существует уже давно. То, что существуют разногласия по некоторым вопросам, ничего не меняет, разногласия есть и по поводу элементов грамматики некоторых древних письменно засвидетельствованных языков.
Грамматические модели, особенно относящиеся к морфонологии и парадигматической морфологии, меньше подвержены заимствованию и потому их сходство более значимо, чем сходство лексики.