потому

Расположим в порядке увеличения мягкости:
             ши - si - shi - [ɕi] - си
А теперь в порядке уменьшения шепелявости:
             ши - shi - [ɕi] - си - si
На обеих шкалах японский звук располагается между русским "си" и английским "shi". Поэтому в качестве английской транслитерации было выбрано буквосочетание "shi", а в качестве русской - "си". При этом русская транслитерация оказалась даже ближе к оригиналу, чем английская, особенно по второй шкале. Косвенным доказательством этого служит тот факт, что государственная система латинской транслитерации, принятая в Японии (в отличие от т.н. "хэпберновской", принятой в англоязычных странах), использует здесь слог "si". Что же касается "ши", то звучание этого русского слога и вовсе имеет крайне мало общего с японским произношением. Вплоть до того, что японец может просто не понять слова, произнесенного через твердое русское "ш".

аналогичные соображения и касательно ti.

じ　zi - чтобы синхронизировать его с ざza ずzu ぜze ぞzo。